Limun se često koristi kao prirodno sredstvo za čišćenje doma jer efikasno uklanja masnoću, neutrališe neprijatne mirise i ostavlja osećaj svežine. Ipak, stručnjaci upozoravaju da njegova kiselost nije bezbedna za sve površine i da u pojedinim slučajevima može izazvati trajna oštećenja.

Poseban oprez savetuje se kod površina od prirodnog kamena, poput mermera i granita, jer limunska kiselina može ostaviti fleke i oštetiti strukturu materijala. Takođe, nije preporučljivo koristiti limun za čišćenje ekrana elektronskih uređaja, obojenih površina, nerđajućeg čelika, kao ni predmeta od bakra i mesinga, pošto može nagristi zaštitne slojeve ili ostaviti tragove.

Ni drveni podovi nisu dobar izbor za ovakav način čišćenja, jer limun može oslabiti zaštitni premaz i učiniti drvo osetljivijim na vlagu i oštećenja. Umesto toga, preporučuje se korišćenje blagih ili specijalizovanih sredstava prilagođenih konkretnim materijalima.